企业善意取得假的增值税普通发票，税务局稽查时该如何处理？

只要是假发票，哪有善意与恶意之分？
只能说你的情节没有那么恶劣而已。稽查时要如实供述发票来源。
最后的结果是，补税、罚款。

税务稽查查到企业善意取得虚假以及虚开的增值税专用发票，税务机关应追缴税款，并按照征管法规定加收滞纳金。
具体政策依据请参照国税发[2000]187号国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局:
近接一些地区反映：在购货方(受票方)不知道取得的增值税专用发票(以下简称专用发票)是销售方虚开的情况下，对购货方应当如何处理的问题不够明确。经研究，现明确如下：
购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省(自治区、直辖市和计划单列市)的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口、退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。
如有证据表明购货方在进项税款得到低扣、或者获得出口退税前知道该专用发票是销售方以非法手段获得的，对购货方应按《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》(国税发[1997]134号)和《国家税务总局关于〈国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知〉的补充通知》(国税发[2000]182号)的规定处理。
本通知自印发之日起执行。

国家税务总局

二〇〇〇年十一月十六日

一般是要罚款的，开发票的与取得发票的都罚，增加国家财政收入嘛！不要怀疑，制度就这么订的。

亲，您好，很荣幸为您服务~
亲所讲的情况，请按实际情况跟税局反馈，取得发票没有善意与不善意的说法的，税务局只会按规定处理。国税发〔2000〕187号 规定 购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。【摘要】
企业善意取得增值税普通发票，税务局稽查时该如何处理？【提问】
亲，您好，很荣幸为您服务~
亲所讲的情况，请按实际情况跟税局反馈，取得发票没有善意与不善意的说法的，税务局只会按规定处理。国税发〔2000〕187号 规定 购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。【回答】

补税、罚款
罚款额度在法定的幅度内，考虑情节轻微，可以从轻吧

肯定要罚款了，而且这张发票的成本或费用不能在企业所得税前扣除。

补税是肯定要的。