海关增值税缴款书本辖区税务局不能认证怎么办？

海关增值税缴款书本身就不能认证的。
海关进口增值税专用缴款书抵扣操作流程
一、实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。

二、由于海关传递海关缴款书数据时限一般在缴款成功后10-25个工作日，我公司需先在电子口岸确认抵扣经营单位，客户先不要急上传海关缴款书。（最好在缴款书日期后25个工作日之后才上传比对）。
三、纳税人应按要求完整规范采集海关缴款书
　　海关缴款书号码在通关系统中共有22位，可抵扣的海关缴款书号码第20位必须是“L”。纳税人在采集海关缴款书时号码应完整规范录入，其中：数字、字母、符号以半角录入；大写英文字母“L”在内的22位号码必须填写完整；其中“—”不能以“/”代替；英文字母“L”一律为大写；通关系统开具的海关缴款书号码上行打印的括号和四位日期不属于缴款书号码，不应录入；开票日期应录入票面填发日期；如企业取得同一号码多张海关缴款书，税额应按末张海关缴款书最后一栏合计数录入。
四、纳税人可自行通过网上电子申报系统查询海关缴款书稽核结果，查询方法应先选择海关缴款书上报月份，然后再点击“稽核管理——查询比对结果”。具体操作请看《网上申报海关缴款书稽核操作说明》或咨询税务局技术服务公司。纳税人应注意网上比对查询方法，避免由于操作错误，导致错过抵扣期限，造成损失。
五、确认下载稽核结果通知书
纳税人每月1－13日前可选择是否确认下载《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》(以下简称稽核通知书)。在网上申报系统中每月14日前纳税人实时下载《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》(以下简称稽核通知书)功能。除了海关稽核系统每月1日自动导出上月所有稽核结果外，纳税人还可以在网上申报系统中自行进行“稽核结果通知书”导出，即给予纳税人自行选择 “稽核结果通知书”下载时间的权力。具体方法是：
每月1日后，纳税人可实时查询本纳税人海关缴款书稽核比对情况，如发现所有海关缴款书稽核比对相符，即可下载“稽核结果通知书”及清单。如纳税人发现本纳税人仍有海关缴款书滞留，可继续等待，在当月申报期结束前，随时发现全部稽核相符，随时可以自行下载稽核结果进行申报抵扣；如超过14号海关缴款书仍有滞留，纳税人只能下载“稽核结果通知书”及清单进行申报。对于申报前仍然滞留的信息会在下月参与稽核比对。每个纳税人每月只能下载一次“稽核结果通知书”。每月14日上午，系统将会对没有下载“稽核结果通知书”的纳税人做最后一次批量导出，这次稽核比对相符的海关缴款书纳税人必须在申报期内申报抵扣。注意，每月的最后批量导出时间是14日上午，不随节假日顺延。

　　1、海关增值税缴款书本身就不能认证的。

　　2、自2013年7月1日起，纳税人已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额填入《增值税纳税申报表》（一般纳税人适用）附表二“待抵扣进项税额”中的“海关进口增值税专用缴款书”栏。
　　3、自2013年8月1日起，海关缴款书“一窗式”比对项目调整为：核对《增值税纳税申报表》（一般纳税人适用）附表二第5栏税额是否等于或小于稽核系统比对相符和核查后允许抵扣的海关缴款书税额。

目前税务机关对海关进口增值税专用缴款书还不能采取认证抵扣的办法，在抵扣的当月要通过税务机关提供的“通用税务数据采集软件”采集海关进口增值税专用缴款书信息，申报增值税时报送通过软件纸质抵扣清单和电子文件、进项发票、关税发票，合同，银行对账单，关单到税务机关认证。

1、海关进口增值税认证抵扣采集系统可从二个地方下载，一是国家税务总局网站——下载服务中心——软件下载——海关完税凭证抵扣清单采集软件下载；二是网上申报——登陆——软件下载——海关完税凭证抵扣清单采集软件下载。　　2、一般贸易进行的货物在进口环节海关已代征缴纳的增值税可以申报抵扣。
　　3、海关进口增值税的申报抵扣，签订合同后应向主管税务机关备案，取得海关完税凭证后即可申报抵扣，但最迟不得超过90天。