增值税中，只有直接减免的增值税是不征企业所得税的吗？

根据《财政部 国家税务总局关于财政性资金 行政事业性收费 政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2008〕151号）的有关规定，对企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。上述所称财政性资金，是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收。

楼上引用法规文件的方式，非常不妥，如果按照他说的去做，会带来税务风险。
他引用《财税〔2008〕151号》文件的内容只有中间部份，前面和后面的都没说明。

财政性资金的确是包括‘直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收’，但不包括企业按规定取得的‘出口退税款’。所以出口退税款，绝对要计征所得税。
而且所谓的财政性资金属于不征税收入，是有限制的：
A.属于国家投资和资金使用后要求归还的本金，企业取得时，不征所得税；其他形式的财政性资金投资，在企业取得时，要计征所得税；
B.纳入预算管理的单位、社会团体等组织的财政拨入补助；
C.国务院财政、税务主管部门规定‘专项用途’并经国务院批准的财政性资金。（注：有专项用途的才是，没有规定专项用途或者没有将退税款用于专项用途的，都不属于不征税范围）

所谓的专项用途，税局是按各个行业明确规定了的，可以参看其他法规文件。
例如你所说的，软件企业的即征即退增值税专项用于研究开发，不征企业所得税；还有核电企业先征后退增值税专项用于还本付息的，不征企业所得税；还有开采煤层气的企业等等。
那些没有用于专项用途的退税款，都是要计征所得税的。并不是所有退税款都不用征税。

再举个例子，根据《财税〔2007〕92号》文件，安置残疾人的企业，可以有条件地即征即退增值税或减征营业税。
但再根据《财税〔2008〕1号》第五条规定，除一部份文件外，2008年1月1日之前实施的其他企业所得税优惠政策一律废止。各地区、各部门一律不得越权制定企业所得税的优惠政策。
所以这个优惠政策就没有了。所退税款从2008年1月1日起就要计征所得税。

《财税〔2008〕151号》文件的具体内容应该是这样的，你可以参看一下：
“......
一、财政性资金
　　（一）企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金的以外，均应计入企业当年收入总额。
　　（二）对企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。
　　（三）纳入预算管理的事业单位、社会团体等组织按照核定的预算和经费报领关系收到的由财政部门或上级单位拨入的财政补助收入，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除，但国务院和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
　　本条所称财政性资金，是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收，但不包括企业按规定取得的出口退税款；所称国家投资，是指国家以投资者身份投入企业、并按有关规定相应增加企业实收资本（股本）的直接投资。
......”

谁跟你说出口退税不交企业所得税？