营改增后母子公司借款低于银行借款利率要缴税吗

1、母公司取得的利息涉及营业税。
《国家税务总局关于印发〈营业税问题解答（之一）〉的通知》（国税函发[1995]156号）规定：《营业税税目注释》规定，贷款属于“金融保险业”税目的征收范围，而贷款是指将资金贷与他人使用的行为。根据这一规定，不论金融机构还是其他单位，只要是发生将资金贷与他人使用的行为，均应视为发生贷款行为，按“金融保险业”税目征收营业税。
因此，母公司通过委托贷款的方式借款给子公司收取的利息应缴纳营业税。
2、母公司取得的利息涉及企业所得税。
《企业所得税法》第六条第五款规定，利息收入应计入企业的收入总额。
《企业所得税法实施条例》第十八条规定，企业所得税法第六条第（五）项所称利息收入，是指企业将资金提供他人使用但不构成权益性投资，或者因他人占用本企业资金取得的收入，包括存款利息、贷款利息、债券利息、欠款利息等收入。
利息收入，按照合同约定的债务人应付利息的日期确认收入的实现。
3、不涉及印花税。
《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发[1991]155号）第十四条规定，在代理业务中，代理单位与委托单位之间签订的委托代理合同，凡仅明确代理事项、权限和责任的，不属于应税凭证，不贴印花。
《印花税暂行条例》规定，征收印花税的借款合同的征税范围为：银行及其他金融组织和借款人所签订的借款合同。
依据上述规定，非金融单位或个人委托银行贷款业务，委托代理单位或个人与受托单位银行及借款人之间签订的三方委托代理借款合同，受托方银行按合同约定收取手续费。此合同即涉及借款合同又涉及委托代理合同，但非金融机构与借款人签订的借款合同和委托方与受托方代理业务签订的合同，都不属于印花税的征税范畴。因此，母子公司及银行都不缴纳印花税。
4、子公司支付的利息在企业所得税税前扣除时涉及特别纳税调整。
《企业所得税法》第四十六条规定，企业从其关联方接受的债权性投资与权益性投资的比例超过规定标准而发生的利息支出，不得在计算应纳税所得额时扣除。
《企业所得税法实施条例》第一十九条规定，债权性投资既包括直接从关联方获得的债权性投资，又包括间接从关联方接受的债权性投资。其中间接从关联方获得的债权性投资包括：
（1）关联方通过无关联方第三方提供的债权性投资。
（2）无关联第三方提供的、由关联方担保且负有连带责任的债权性投资。
（3）其他间接从关联方获得的具有债务实质的债权性投资。关联委托贷款即属于第（1）种情况。
因此，子公司在支付母公司利息时要受《财政部、国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税[2008]121号）规定关联方债权性投资与其权益性投资的比例限制，即金融企业为5∶1，其他企业为2∶1。