同样是小规模公司，为什么有的按照3纳税，有的却是5？

小规模纳税人不一定都是适用3%征收率，根据不同的业务类型来适用不同的征收率：
1、小规模纳税人增值税征收率为3%，财政部和国家税务总局另有规定的除外。
2、小规模纳税人(除其他个人外)销售自己使用过的固定资产，减按2%的征收率征收增值税。
3、小规模纳税人销售、出租不动产的征收率为5%。
4、小规模纳税人提供劳务派遣服务等，可以选择差额征收，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。
政策参考
政策1：《财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》(财税〔2009〕9号)规定，小规模纳税人(除其他个人外)销售自己使用过的固定资产，减按2%征收率征收增值税。小规模纳税人销售自己使用过的除固定资产以外的物品，应按3%的征收率征收增值税。
政策2：国家税务总局2016年财税第47号公告规定：小规模纳税人提供劳务派遣服务，可以按照《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)的有关规定，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税;也可以选择差额纳税，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。
政策3：国家税务总局公告2016年第16号公告《纳税人提供不动产经营租赁服务增值税征收管理暂行办法》第四条：小规模纳税人出租不动产，按照以下规定缴纳增值税：
(一)单位和个体工商户出租不动产(不含个体工商户出租住房)，按照5%的征收率计算应纳税额。个体工商户出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算应纳税额。
不动产所在地与机构所在地不在同一县(市、区)的，纳税人应按照上述计税方法向不动产所在地主管国税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。
不动产所在地与机构所在地在同一县(市、区)的，纳税人应向机构所在地主管国税机关申报纳税。
(二)其他个人出租不动产(不含住房)，按照5%的征收率计算应纳税额，向不动产所在地主管地税机关申报纳税。其他个人出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算应纳税额，向不动产所在地主管地税机关申报纳税。

小规模纳税人企业除了出租、出售不动产增值税征收率5%以外，其他类的是3%。