部队有纳税人识别号吗？

没有。
1.税局的开票新政，只是要求销售方向企业（购买方）开具增值税普通法票时需要输入纳税人识别号。向不属于“企业”的购买方（如自然人、行政事业单位、社会团体等）开具增值税普通法票，无须输入纳税人识别号。
2.部队军工企业是不从事经营的，所以不用办理税务登记，也就没有税号。临时要用涉税事项的，可以用部队企业的机构代码，就象各政府部门也有机构代码。
3.军工企业是指电子工业部、航空工业总公司、航天工业总公司、兵器工业总公司、核工业总公司、船舶工业总公司、 工程物理研究院及各省国防工业办公室所属的承担国家下达的军事装备、产品研制、生产计划任务的企、事业单位。