税务局做了行政处罚50万。会移交司法机关吗？

不一定，具体要看为什么处罚和第几次处罚。税收征管法对违反税务登记、纳税申报、缴纳税款和发票管理等方面都有行政处罚的规定。但处罚一般不会很高。

法律规定
《刑法》第201条：纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下 或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下 ，并处罚金。
扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，数额较大的，依照前款的规定处罚。对多次实施前两款行为，未经处理的，按照累计数额计算。有第一款行为，经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任。但是，五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚的除外。

解读一下：逃税数额达到量刑起点的，处三年以下 并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下 并处罚金。重点：逃税者经税务机关通知，补缴应纳税款、缴足滞纳金接受处罚的，不再追究刑事责任；但是五年内再犯的不予免责。也就是说，补足税款、缴足滞纳金，不再追究刑事责任；五年内第二次再犯的例外。
不同角度看待
根椐材料上看，定性为虚开 ，按现行法律已达刑事立案标准。注意不是偷税（刑法上叫逃税），不适用第一次补税交滞纳金认罚免刑责规定。虚开 ，破坏的是经济制度，量刑远高于逃税罪。

从案情上看，肯定移交公安机关。建议按税务机关决定认罚并上交违法所得。并配合公安机关查清案情，并检举他人。争取检察机关免予起诉，或人民法院判有罪免刑，或判缓刑。
如果是虚开税票
a、量刑起点是伍万元，本案是近二百五十万元，足够刑事处罚了。但最终是否追究刑事责任，各地尺度差别较大。
b、需补缴的税款和滞纳金，和司法机关的罚金是两码事，需要分别处理，分别缴纳。

c、如果司法机关决定免于刑事处罚，后续税务机关有可能单独科以罚金。
d、是否有积极争取的余地，因各地政策而异。

一般来说不会移交司法机关，除非其中涉及到违法犯罪行为，才会移交司法机关。

我认为税务局在做了刑事处罚50万之后，也是会移交到相关的司法机构的，因为他们的这种行为是非常恶劣的违法，漏税逃税的行为金额巨大，应该送到相应的司法机关中进行判决，对他们的行为进行一个处理。

如果涉嫌了违法，这种情况肯定会移交到司法机关的，只要犯罪是会进行移交的。