小规模纳税人开票系统能直接开负数发票吗

可以的。
目前，自己开票的小规模纳税人已经升级税控系统，与一般纳税人使用的是相同的税控系统，当发票跨月作废，或者购货方退货时，可以开具红字发票予以冲抵。

开具增值税专用发票红字发票的具体流程是：
　　1. 专用发票已交付购买方的，购买方可在 系统升级版中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》或《开具红字货物运输业增值税专用发票信息表》(以下统称《信息表》，详见附件1、附件2)。《信息表》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证(所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的除外)。经认证结果为‘认证相符’并且已经抵扣增值税进项税额的，购买方在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出;未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证;经认证结果为‘无法认证’、‘纳税人识别号认证不符’、‘专用 码、号码认证不符’，以及所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的，购买方不列入进项税额，不作进项税额转出，填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
　　专用发票尚未交付购买方或者购买方拒收的，销售方应于专用发票认证期限内在 系统升级版中填开并上传《信息表》。
　　2. 主管税务机关通过网络接收纳税人上传的《信息表》，系统自动校验通过后，生成带有‘红字发票信息表编号’的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。
　　3. 销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在 系统升级版中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。
　　4. 纳税人也可凭《信息表》电子信息或纸质资料到税务机关对《信息表》内容进行系统校验。
　　5. 已使用增值税税控系统的一般纳税人，在纳入升级版之前暂可继续使用《开具红字增值税专用发票申请单》。
　　(二)税务机关为小规模纳税人 专用发票需要开具红字专用发票的，按照一般纳税人开具红字专用发票的方法处理。
　　(三)纳税人需要开具红字增值税普通发票的，可以在所对应的蓝字发票金额范围内开具多份红字发票。红字机动车销售统一发票需与原蓝字机动车销售统一发票一一对应。”