已经抵扣了的发票，被对方作废了怎么办

1、如果对方认证了，但未申报，未进行抵扣，可以在申报的时候做进项转出。
2、如果对方认证了，并抵扣了，要对方去他们所在的
国税
做更正申报，做进项转出并由对方税局给你们出具证明。

根据根据国税函[2003]962号文件规定： 增值税一般纳税人发生销售货物、提供应税劳务开具增值税专用发票后，如发生销货退回、销售折让以及原蓝字专用发票填开错误等情况，视不同情况分别按以下办法处理： （一）销货方如果在开具蓝字专用发票的当月收到购货方退回的发票联和抵扣联，而且尚未将记帐联作帐务处理，可对原蓝字专用发票进行作废。即在发票联、抵扣联连同对应的存根联、记帐联上注明“作废”字样，并依次粘贴在存根联后面，同时对防伪税控开票子系统的原开票电子信息进行作废处理。如果销货方已将记帐联作帐务处理，则必须通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。根据《国家税务总局关于进一步做好增值税纳税申报“一窗式”管理工作的通知》文号：国税函［2003］962号增值税一般纳税人发生销售货物、提供应税劳务开具增值税专用发票后，如发生销货退回、销售折让以及原蓝字专用发票填开错误等情况，销货方如果在开具蓝字专用发票的次月及以后收到购货方退回的发票联和抵扣联，不论是否已将记帐联作帐务处理，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。 （二）因购货方无法退回专用发票的发票联和抵扣联，销货方收到购货方当地主管税务机关开具的《进货退出或索取折让证明单》的，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。 你可以和对方单位协商，将开错的发票收回，按照上面规定进行相关的处理。

很简单，作进项税额转出就可以了。