工程结束了，但工程合同造价超了，拿补充协议去税局交印花税和企业所得税吗？

1、严格来说，印花税是按合同金额征收的，即签定建筑安装工程承包合同时，按合同所载金额，缴纳万分之三的印花税。也就是说，工程竣工决算金额如果超出原合同金额，如果未补签合同，是不需要补缴印花税的。
2、查账征收的企业所得税是在会计利润基础上，按照税法规定进行部分调整后征收的，企业收入减成本、费用、税金等有余额的，就按余额的25%缴纳企业所得税。但目前很多建筑企业是核定征收企业所得税的，这样，税务机关一般是按工程收入依一定比例直接计算征收企业所得税，所以，拿到进度款和决算余款，都需要按申请开发票的进度款或决算余款依这个比例直接缴纳企业所得税。
3、建筑企业缴纳的个人所得税，一般包括两部分，一是员工的工资薪金个人所得税，也即超过3500元的员工需要由建筑企业代扣个人所得税向地税机关申报缴纳；二是目前建筑企业90%以上都是实行项目经理人承包或挂靠经营模式的，很多地方的地税机关会对项目经理人或承包人、挂靠人依一定比例征收“对企事业单位的承包承租经营”个人所得税。这个和对建筑企业征收的企业所得税是两回事。
工程结束了，但工程合同造价超了，拿补充协议去税局交印花税和企业所得税吗？
印花税需要补交，按补充协议上的金额。如果工程造价超过了合同款，企业应该没有利润了，相对于利润的企业所得税不用交了。但如果企业费用中有不能所得税前扣除项，如业务招待费超标等，这部分还是要交企业所得税的。这就是常说的纳税调整项。

里面个人所得税已经扣了，为什么还需要交企业所得税？
这是两个税种，不能相互替代。个人所得税的纳税主体是个人；企业所得税的纳税主体是企业，交了个人所得税只能说明个人收入超过税法规定标准（最新的是3500元），超过部分要交个人所得税。而企业所得税的计税基数是企业利润和不能税前扣除项，与个人收入无关。
如果你是个体工商户或一个人公司，就只有个人所得税而没有企业所得税。
企业提供建筑劳务，应缴纳企业所得税和代扣代缴个人所得税。
个人所得税：根据《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2015年第52号）第一条规定：“总承包企业、分承包企业派驻跨省异地工程项目的管理人员、技术人员和其他工作人员在异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由总承包企业、分承包企业依法代扣代缴并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。总承包企业和分承包企业通过劳务派遣公司聘用劳务人员跨省异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由劳务派遣公司依法代扣代缴并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。”同时国家税务总局公告2015年第52号第四条规定：“建筑安装业省内异地施工作业人员个人所得税征收管理参照本公告执行。”基于此规定，建筑建筑安装业跨省或省内异地工程作业人员的个人所得税的申报缴纳地点是：工程作业所在地的税务机关。
企业所得税：根据《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号）第三条的规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
根据《国家税务局关于印花税若干具体问题的规定》（国税地字[1988]第025号）第9点规定：“依照印花税暂行条例规定，纳税人应在合同签订时按合同所载金额计税贴花。因此，对已履行并贴花的合同，发现实际结算金额与合同所载金额不一致的，一般不再补贴印花。”
印花税属于行为税，如果签订的合同已注明金额，之后又没有对合同进行修改或补充的，即使最终的金额比原先签订的金额多，这部分也是不需要补缴印花税的。如所签订的合同是因特殊情况无法注明金额的，则需对实际发生金额补缴印花税。
开票征收个人所得税，一般是附征的行为，有的地方是对工程承包收入认定为个人承包，所以附征个人所得税，如果不是承包而被附征，那么你事前要和税局沟通，提供你财务制度健全，核算完整的依据。另外，如果已经附征了，那么可以回公司抵扣你公司应交个人所得税。当然各地执行不一

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