总分机构企业所得税管理办法

2012年6月12日，财政部、国家税务总局、 人民银行以财预〔2012〕40号印发《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法》。该《办法》分主要内容、预算科目、税款预缴、汇总清算、税款缴库程序、财政调库、其他7部分，自2013年1月1日起执行。《财政部 国家税务总局 人民银行关于印发的通知》（财预〔2008〕10号）予以废止。主要内容：

1、基本方法。属于中央与地方共享范围的跨省市总分机构企业缴纳的企业所得税，按照统一规范、兼顾总机构和分支机构所在地利益的原则，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理办法，总分机构统一计算的当期应纳税额的地方分享部分中，25%由总机构所在地分享，50%由各分支机构所在地分享，25%按一定比例在各地间进行分配。
统一计算，是指居民企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得额、应纳税额。总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别按适用税率计算应纳所得税额。
分级管理，是指居民企业总机构、分支机构，分别由所在地主管税务机关属地进行监督和管理。
就地预缴，是指居民企业总机构、分支机构，应按本办法规定的比例分别就地按月或者按季向所在地主管税务机关申报、预缴企业所得税。
汇总清算，是指在年度终了后，总分机构企业根据统一计算的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
财政调库，是指财政部定期将缴入中央总金库的跨省市总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。

2、适用范围。跨省市总分机构企业是指跨省（自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的居民企业。
总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构就地预缴企业所得税。三级及三级以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额等统一并入二级分支机构计算。
按照现行财政体制的规定，国有邮政企业（包括 邮政集团公司及其控股公司和直属单位）、 工商银行股份有限公司、 农业银行股份有限公司、 银行股份有限公司、国家开发银行股份有限公司、 农业发展银行、 进出口银行、 投资有限责任公司、 建设银行股份有限公司、 建银投资有限责任公司、 信达资产管理股份有限公司、 石油天然气股份有限公司、 石油化工股份有限公司、海洋石油天然气企业（包括 海洋石油总公司、中海石油（ ）有限公司、中海油田服务股份有限公司、海洋石油工程股份有限公司）、 长江电力股份有限公司等企业总分机构缴纳的企业所得税（包括滞纳金、罚款收入）为中央收入，全额上缴中央国库，不实行本办法。
不具有主体生产经营职能且在当地不缴纳营业税、增值税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级分支机构以及上年度符合条件的小型微利企业及其分支机构，不实行本办法。
居民企业在 境外设立不具有法人资格分支机构的，按本办法计算有关分期预缴企业所得税时，其应纳税所得额、应纳所得税额及分摊因素数额，均不包括其境外分支机构。

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居民企业在 境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为汇总纳税企业，企业所得税实行汇总纳税管理，即汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。具体征管按照国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）有关规定执行。
1、一般计算方式
总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，当年一般不作调整。
2关于预缴税款
汇总纳税企业应根据当期实际利润额，按照规定的分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴；在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，也可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，按照规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴。预缴方法一经确定，当年度不得变更。
需要注意的是建筑公司的项目部纳税问题
依据《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函〔2010〕156号）规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同）不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算，由二级分支机构按照规定的办法预缴企业所得税。
总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照规定计算总、分支机构应缴纳的税款
3关于汇算清缴
汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款入库或退库。
汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款；预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税，或者经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
注意：分支机构也需要报送企业所得税年度纳税申报表，格式参照企业所得税月(季)度预缴纳税申报表。同时需附送《 人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》。