对方一般纳税人企业给我们开了专票，我们付款却是打给对方个人

这样的款项来往
只有弊、没有利
对于开票人来说
购买方、付款方向不一致
涉嫌虚开
对于购买方来说
发票、付款方向不一致
如果是一般纳税人
被查处后所抵扣的增值税要做进项转出

对贵企业的影响：如果贵企业也是一般纳税人，导致进项税不能抵扣，产生税费损失及配合调查的人力、物力和时间成本。
对方企业营收方面的利弊：逃避缴纳税收，变向增加了收入。但这个利是建立在违法基础上的，且按照如今的税务技术手段，被发现概率较以往明显提高。
具体：通常打款给个人是为了隐匿收入。推断对方企业是有一定开票空间的，即，不是完全按照开票来申报缴纳，而是还有相当一部分是无票收入但也申报缴纳税收的。因此不是开票就交税，可以通过倒挤无票申报收入来维持总的缴纳税款不变。将款打入个人账户，减少公司层面经营流水，也可以少缴纳企业所得税。
对方此做法可能导致贵企业无法抵扣进项税，经济受损失。另一方面，后期可能被税局要求提交资料配合调查。
对方首先违背了《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发【1995】192）（三）“纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。”
当地税局如果坚持用这个政策（未失效）来说事，贵单位可能面临进项税转出。
如果有真实的业务往来和配套合同、单据，可以用国税总局公告2014年第39号公告来收取，但是从实务角度看，能争取到抵扣的可能性较小。
附政策：国家税务总局公告2014年第39号公告：纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：一、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；二、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；三、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。受票方纳税人取得的符合上述情形的增值税专用发票，可以作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。
公告的第二条明确了“纳税人”收取款项或取得可以收款的凭据，而贵单位已经将款打给个人，该个人并非这笔交易的“纳税人”，实际上形成了“纳税人”没有收到款项。

因此，这一条会被税务机关质疑，不认同贵企业抵扣进项税。
补充：即便对方辩称收款的个人是与对方有债权债务关系，贵单位以后也不能同意。请让对方直接和它的债权人对接，贵单位不参与。

如果金额较小，基本上没有什么风险；如果金额较大，甚至金额巨大的，如果付款给个人，会有一定风险，税务机关可能会怀疑你方有取得虚开发票，多抵进项税额的嫌疑。

首先，对于开票人来说，购买方、付款方向不一致涉嫌虚开
再次，对于购买方来说，发票、付款方向不一致
如果是一般纳税人，被查处后所抵扣的增值税要做进项转出