我们公司是一般纳税人，原来运输公司开具给我的都是货物运输业增值税专用发票
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- 可以。
《国家税务总局关于停止使用货物运输业增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第99号）规定，为规范 管理，方便纳税人发票使用，税务总局决定停止使用货物运输业增值税专用发票。
为避免浪费，方便纳税人发票使用衔接，货运专票最迟可使用至2016年6月30日，7月1日起停止使用。
增值税一般纳税人提供货物运输服务，使用增值税专用发票和增值税普通发票，开具发票时应将起运地、到达地、车种车号以及运输货物信息等内容填写在发票备注栏中，如内容较多可另附清单。
因此，您企业收到运输公司2016年1月1日（含1日）后开具的增值税专用发票，可以正常认证申报抵扣。
增值税一般纳税人提供货物运输服务，使用增值税专用发票和增值税普通发票，开具发票时应将起运地、到达地、车种车号以及运输货物信息等内容填写在发票备注栏中，如内容较多可另附清单。因此，您企业收到运输公司2016年1月1日（含1日）后开具的增值税专用发票，可以正常认证申报抵扣。
根据企业是否主营运输单位而定。1、主营运输单位会计分录如下：借：银行存款贷：主营业务收入应交税费－应交增值税（销项税额）2、非主营运输的单位会计分录如下：借：银行存款贷：其他业务收入应交税费－应交增值税（销项税额）
首先必须是增值税专用发票才能进行抵扣，其次是与经营有关的业务发生的。符合上述两点是可以进项税抵扣。
应交税费——应交增值税（进项税额）贷：应付账款等
你公司性质是一般纳税人，即：可以开具带抵扣联的销项发票，同事与经济业务有关的带抵扣联的进项发票，都可以进行认证抵扣。即使没有营改增，你们收到运输票也是可以抵扣的。营改增只是让以前运输单位可以开具带抵扣联的运输发票而已，改变的是以前营业税公司无增值税抵扣这个性质。 所以就你的问题而已，...
