房地产企业破产 土地增值税怎么处理

某置业有限公司（以下简称破产企业）于2010年10月设立，2011年取得有关部门的立项批复，项目名称为某花园国际广场的一期、二期和三期，共三个项目。
后因该企业资金链断裂，被债权人申请破产清算，法院于2015年10月30日裁定受理。截至破产清算受理日，三个项目开发情况如下：该项目一 期 4 幢住宅楼（均为普通住宅）已于 2014 年 1 月交付使用，一期3幢住宅楼和二期4幢住宅楼已建但尚未完工，三期尚未开工建设。在公开拍卖处 置破产财产时，除已经交付使用的住宅楼外整体司法拍卖，由某房地产开发有限公司（以下简称受让人）竞买购得。拍卖公告中约定原一期和二期预售房屋购买者与 破产企业签订的预售房合同全部予以解除，并由受让人与原购房者重新签订售房合同。根据法院裁定书，破产管理人已将原预售房屋向住建部门办理了合同备案注销 手续，将受让人与原来购房者重新签订合同重新备案。
2016年6月，税务机关将原预售房屋所对应的预收房款开具的发票做红字发票冲销处理，由受让人按规定 重新开具 。
涉税处理
解除预售合同涉税处理
因法院裁定预售房屋购买者与破产企业签订的预售房合同全部解除后，破产企业已经不存在纳税义务，原来已经申报缴纳的营业税和预征的土地增值税应该给予退税。如果已经交付使用房产存在未缴纳的营业税和应预征的土地增值税，应扣除未缴税款后办理退税。
土地增值税清算
项目清算收入的确认
一期普通住宅按与购房者的实际结算开票价确认，对普通住宅以外的其他类型房产通过拍卖，将实际拍卖价格按在一期、二期和三期房产的评估公允价分摊计算确认。
扣除项目的确认
土地成本按项目三期规划面积占总用地面积的比例分摊，各期各类型开发成本是根据合同、审定能够直接分清的成本按直接法计算，不能分清的成本按建筑面积法分摊计算。
土地增值税审核结论
经审核确认，该国际广场项目一期普通住宅的增值率30.78%。应缴土地增值税税额为3558.52万元，已申报税款1094.33万元，应补缴 2464.19元；一期其他类型房产增值率-2.90%，应缴土地增值税税额为零。二期其他类型房产增值率-6.21%，应缴土地增值税税额为零。三期土 地增值额增值率3.5%，应缴土地增值税税额为20.52万元。
如果破产企业将该国际广场按一个整体项目立项，只是自行分三期开发建造，应该将整体项目作为一个清算单位，将除普通住宅之外已建未完工房产和土地作为其他类型房产进行清算。
税收债权申报
一期普通住宅在破产之前销售并交付，纳税义务是发生在破产清算受理日之前，其清算审核后所需补缴的土地增值税应该属于破产债权，税务机关应作为税收债权补充 申报。对于三期土地转让所产生的税款，是处置破产财产过程中产生的税款，纳税义务是发生在破产清算受理日之后，根据破产法相关规定和实践操作应作为破产费 用，由破产管理人在办理破产财产过户手续时缴纳，不能作为破产债权。