开业两年多没建账，一直零申报现在税务局要查我公司的账，怎么办呀？

企业要办注销，税务局查账这是必经的一道程序。
先要检查一下，是否有偷税漏税情况，自己心中要有数，税务局主要就是查这，你公司若有，该补的还是应该补。
在我看来，一直没有收入，那你公司主要在企业所得税了，因为你的征收方式每年都不一样，那么要分年来分析：
2009年是查账征收：如果没有收入，即使有的费用没入账，那必定也是亏损的，这年应该不涉及到所得税。
2010年是按收入征收：你没有收入，这一年也没所得税问题。
2011年按照费用征收：今年要涉及到企业所得税了，你应对今年的管理费用、财务费用和销售费用等进行合理辨别，是今年的费用入今年的账，费用（特别注意今年的）入账不真实不合理合法，要补税并罚款。
这个月可以把以前的费用补入账，如果不是在建工程项目的费用，你可以通过“以前年度损益”科目来做，是在建工程费用，仍然通过“在建工程”科目做。
举例：有一笔2010年管理部门的水电费10000元没入账：
借：以前年度损益调整 10000
贷：现金（银行存款） 10000

结转：
借：利润分配-未分配利润 10000
贷： 以前年度损益调整 10000

看你说的这些只感觉你思路很乱
想问你几个问题，你们公司的经营范围是什么？经营地址和办公地址在一个地方吗？你们公司是自己买地皮建厂房或写字楼还是本身就是以建筑安装为主业？几百万的费用都用在什么方面？两年多没建帐你的年报又是如何做的？为何现在又要注销？搞清楚这些问题人家才知道如何帮你

不可以