我方开的专用发票报税了，对方超过期限没有申报抵扣应该怎么办

只要你申报纳税了，你在税务上就没什么责任问题。
对方超过期限没有申报抵扣，造成的相关损失由他们自己承担。
重开是不能答应的，重开等于是你要重复一次纳税，且造成应收账款有一笔余额数。当然，如果是为照顾以后的业务关系或对方答应承担税金，那你可以考虑此事的可行性。
如果对方是因发票遗失而造成延期未认证抵扣，你要做的事情最多是提供发票复印件（盖发票章），并去自己税务局开已报税证明给对方，协助对方办理相关入账手续；对方发票在的话，你什么都不需要做的。
补充：
对应税务局，我们办公司的主要就是不能偷税漏税违法经营，你公司这份发票开出，是申报纳税过的，已经履行了依法纳税的义务，还有什么过虑呢？而对方可以抵扣却没有抵扣，损失的是对方，对税务局来说只有“得益”，没造成任何损失啊，所以金税稽核系统就算是查出这份发票没认证，也不能说什么不是吧。
其实，发票不去认证抵扣的也不是没有，如：我们公司购买的材料是用于在建工程的，我就没去认证抵扣，全额进“在建工程”，不是也没见税务局找上我和供应商啊。

　　没有特殊理由的，由对方负责造成的损失。符合延期抵扣的，由对方向税局申请抵扣。符合退货处理的，由对方向税局申请开具红票，税局批准后你方根据开具红票申请表开具红票冲抵。

　　增值税专用发票超过期限是指没有在规定期限内认证抵扣。对于超过期限的增值税专用发票处理方式，可以按以下规定进行：
　　一、根据《关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函［2009］617号）
　　1、增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
　　2、增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、机动车销售统一发票以及海关缴款书，未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。
　　二、根据《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）为保障纳税人合法权益，经国务院批准，现将2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证未能按照规定期限办理认证或者稽核比对（以下简称逾期）抵扣问题公告如下：
　　1、对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
　　增值税一般纳税人由于除本公告第二条规定以外的其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣期限有关规定执行。
　　三、客观原因包括如下类型：
　　1、因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；
　　2、增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
　　3、有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
　　4、买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
　　5、由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；
　　6、国家税务总局规定的其他情形。
　　四、根据《国家税务总局关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》(国税发【2006】第156号)规定，
　　1、一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》，
　　2、《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。
　　3、主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》（以下简称《通知单》）。
　　4、购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。
　　5、销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。

和你没有影响。只是他没抵扣，就全额记账就可以了。和你这边没影响。

那是他们没拿去抵扣，与你无关。如果要重开的话，先要对方办理丢失证明，再由你拿证明和你开具那个发票的存根联和当月报税时发票的明细到你方税务专管员那里办增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票已抄报税证明单，这样就可以重开了。

那是对方的责任，跟你们没关系，他如果要求重开，也得拒绝，你方不需要做什么

过期的专用发票应该不能重新开了.不知道去国税办理退货手续,然后冲账重开,这要问问当地的国税.

2009年11月9日，国家税务总局发文《关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号），对增值税专用发票等扣税凭证的认证、抵扣、比对时间进行延长。现解读如下。

一、出台背景，体现纳税服务的需要。部分纳税人及税务机关反映目前的90日申报抵扣期限较短，部分纳税人因扣税凭证逾期申报导致进项税额无法抵扣。为合理解决纳税人的实际问题，加强税收征管，总局明确了增值税扣税凭证抵扣期限延长的规定。

二、增值税扣税凭证抵扣申请认证时间延长到180天。增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。超过180天的不得扣税。

三、增值税扣税凭证抵扣认证通过的次月申报期内抵扣进项税额。涉及增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票。否则，不得抵扣进项税金。

四、海关进口增值税专用缴款书扣税期限基本相同。实行“先比对后抵扣”管理办法的一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。未实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的一般纳税人取得2010年1月1日后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。

五、未在规定期认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得扣税。增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、机动车销售统一发票以及海关缴款书，未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。

六、丢失增值税抵扣凭证的处理。增值税一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票，应在开具之日起180日内，按照《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）第二十八条及相关规定办理。

增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在开具之日起180日内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。

七、本通知自2010年1月1日起执行。纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原规定执行。其它涉及增值税扣税凭证认证、申报抵扣或者申请稽核比对时间的文件或规定，均以本通知为准。