新税法实施后总机构管理费还可以在税前扣除吗

不可以！
第四十九条　企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除。
第五十条　非居民企业在 境内设立的机构、场所，就其 境外总机构发生的与该机构、场所生产经营有关的费用，能够提供总机构出具的费用汇集范围、定额、分配依据和方法等证明文件，并合理分摊的，准予扣除。
准予扣除须满足以下几个要求。
一、所分摊的费用必须是由 境外总机构所负担，且与其在 境内设立的机构、场所生产经营有关。即，首先这部分允许分摊的费用，必须是由非居民企业在 境外的总机构所负担，且这部分费用是与其在 境内设立的机构、场所的生产经营有关，否则不得作为本条规定的分摊费用。
二、在 境内设立的机构、场所能够提供总机构出具的费用汇集范围、定额、分配依据和方法等证明文件。
这主要是考虑到，基于税收管辖权上的局限性以及税务机关征管能力的局限性等，若没有非居民企业在 境内设立的机构、场所的协助， 的税务机关可能无法掌握总分机构之间的费用往来情况，所以有必要规定非居民企业在 境内设立的机构、场所有提供证明文件的义务。
三、有关费用必须是合理分摊的，才准予扣除。
这是企业所得税税前扣除中收入与支出配比原则基本要求，若存在证据表明总机构分摊给 境内分支机构的有关费用不合理的，或者通过乱摊费用，以获取某种非法税收利益的，将不允许扣除这些费用。