我是一家公司的会计，老板和老板娘在其他地方有公司，平时很少过来。

是很难办。
可不可以和老板他们商量，给你一定的授权。
譬如工资么就定下大概的基础，譬如每人每月平均大概1800左右，至于里面实际操作时你有权利根据实际情况予以增减，譬如请假扣款按照1800/实际应工作天数*请假天数，或者员工表现不错给予一定奖金，譬如加50或100元之类的。
还有其他方面的事情，就让老板给你授权，多少金额范围内可以由你做主，超过多少要取得他们同意。还有处理事情时如果很重要的，看起来就不是你能做主，而且你也不能承担相应责任与后果的，那么就请示他们，一些相对无关紧要的就自己做主，有时趁实在有要事问他们时，说完要事再借机提一下琐事这样处理行不行，这样就减少打电话次数。
至于哪些列为要事，无非就是与税务有关的（譬如年度所得税缴纳多少要和老板通气的），还有就是如果发现客户或供应商出现了重大问题，影响你方金额很重大，那么你也不能做主的，找老板商量下。

你可以先思索一下平时的事情，然后自己先列出一个大纲，再找机会和老板他们说，条款最好想的尽量细一些，这样以后应该就能大概知道自己能做主哪些了。

咳咳，我也不是很清楚，以上纯属个人想法…………

建议你今后什么事情先发邮件给她，不回复就自己决定如何做。另外最重要的是你要站在她的立场上做决定，否则他会觉得你没主意，不要任何小事都要询问她如何做，这样自然会惹她烦，你要站在她的立场上考虑问题，多替她着想，就会好多了，就像对待你自己的公司一样。

看来老板娘对你的意思不够，或许碰巧那天是因为她的心情不好，建议你该请示的还请示，这是你的本分。但更重要的是，你应该处理好和他们的关系，让他们对你绝对的放心。让他们感觉到你的请示和回报是对他们绝对的忠诚。