为老板制定财务规章制度并提建议，但老板并不采纳怎么办？

而掌管钱的又是公司老总，这样合理吗？

可以，只要会计出纳不是一个人，且不是国有企业就可以。
看你描述的情况，这个公司经营管理比较混乱，老板没有管理意识，对财务工作不太重视，这样的公司容易出现财务风险，可以考虑离开。
一般，向老板提出建议，不能超过3次，第一次可以认为是老板没听明白，第二次可以认为老板不太重视，但如果有第三次，肯定是老板根本就不想听！

据你说的情况，我觉得这应该是个小私企吧。放心，企业负责人是老板，财务负责人也不是你。责任也不会让你抗。如果是上市公司，财务负责人是财务总监，是企业高级管理人员，那才是要承担责任。还有，不相容岗位还是要分离的。