主营业务成本是不是只有开了增值税专用发票才可以确认成本

不是的。
只有在确认收入（这时才能开具 ，包括专用发票和普通发票）的情况下，才能计算并结转业务成本。而且，在视同销售和未开具 时，同样要确认成本。