按照3%的税率。《财政部国家税务总局关于出口、进口煤矸石处置费用发票税率问题的通知》，煤矸石处置费用发票应当按照3%的税率征收增值税。发票税率是指增值税（VAT）征收的税率，它决定了最终商品或服务的价格。
