1、类型不同：银行电子回单是在银行进行转账的时候，转账完成以后，银行给的一个据证属于回单。增值税专用发票是根据销售出库的时候，货物出库的时候开具的一张发票。2、用途不同：银行电子回单回单可以拿来入账。增值税专用发票是商事凭证，由于实行凭发票购进税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。以上是银行电子回单和增值税专用发票区别。
