对方公司不交税跑了税务让我补税

法律分析：一方发票已抵扣，单位没有义务替对方公司补交税款。单位可以拒绝的，不服申请复议。
法律依据：《 人民共和国税收征收管理法》 第二十二条 增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制;其他发票，按照国务院税务主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。
未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。