根据《增值税暂行条例》第十条规定：下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（二）用于非应税项目的购进货物或者应税劳务。因此，贵公司购进一批预应力管桩做基础建设，对方给贵公司开具的是管桩的增值税专用发票其进项税额不得从销项税额中抵扣。
