急！增值税抵扣联超过90日认证期限该如何处理？

根据国家税务总局（国税函[2003]962号）关于进一步做好增值税纳税申报“一窗式”管理工作的通知 第一条的规定 增值税一般纳税人发生销售货物、提供应税劳务开具增值税专用发票后，如发生销货退回、销售折让以及原蓝字专用发票填开错误等情况，视不同情况分别按以下办法处理：
（一）销货方如果在开具蓝字专用发票的当月收到购货方退回的发票联和抵扣联，而且尚未将记帐联作帐务处理，可对原蓝字专用发票进行作废。即在发票联、抵扣联连同对应的存根联、记帐联上注明“作废”字样，并依次粘贴在存根联后面，同时对防伪税控开票子系统的原开票电子信息进行作废处理。如果销货方已将记帐联作帐务处理，则必须通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
销货方如果在开具蓝字专用发票的次月及以后收到购货方退回的发票联和抵扣联，不论是否已将记帐联作帐务处理，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
（二）因购货方无法退回专用发票的发票联和抵扣联，销货方收到购货方当地主管税务机关开具的《进货退出或索取折让证明单》的，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票, 也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
根据962号文的规定已经说明，除去退货外只有原发票开具错误，才可以退回给销货方重新开具增值税专用发票发票（实际操作先按原错票内容开具一张负数发票，然后再按正确的内容开具一份篮字发票交给购货方）。

如果超过期限就不能抵扣了，只能自认亏损了。

这个要与开票单位好好协商，这肯定是要麻烦人家的事。如果你可以将抵扣联和记帐联退回，那就可以让对方冲红后再开一张给你，如果你无法退回，那就得去税务局开退货证明了，比较麻烦的！将退货证明给开票方一联，对方就可以开一张新的给你了！还是有办法的，不要急！