房地产企业破产土地增值税清算由法院组织。土地增值税项目清算,就是对符合清算条件的项目进行清算,逾期不成立清算组进行清算的,债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算,人民法院应当受理该申请,并及时组织清算组进行清算。