不能。根据财政部、国家税务总局《关于明确对查补的税款不得享受先征后退政策的批复》（财税字［1998］80号文件）的规定，对福利企业未按规定进行申报，事后被税务机关查补的增值税应纳税额，不得按“即征即退”办法退还给企业，因此民政福利企业有税务罚款不能退税。对于税务机关、财政监察专员办事机构、审计等执法机关根据税法有关规定查补的增值税等各项税款，必须全部收缴入库，均不得执行由财政和税务机关给予返还的优惠政策。
