资产重组取得的在建工程入账的依据是资产重组协议,协议里有资产的名称,地理位置,协议的重组价格。土地增值税在计算时需要收入减成本,协议价格就是成本依据,可以扣除。付协议价时需要代扣代缴相关税费。没有发票肯定不能进项税扣除