请教新三板股改自然人股东纳税问题

新三板：股改时自然人，合伙企业和公司三类投资人分别涉那些税
问：有限责任公司改制为股份有限公司时，不涉及增资等，其投资人有自然人，合伙企业和公司，这三类投资人分别涉那些税？有限责任公司净资产中有实收资本5000万，资本公积2亿，盈余公积1亿，未分配利润3亿。转为股份公司时，哪些项目转增实收资本涉税，如果盈余公积和未分配利润都转增为资本公积，是否涉税？
答：《公司法》第九十五条规定，有限责任公司变更为股份有限公司时，折合的实收股本总额不得高于公司净资产额。有限责任公司变更为股份有限公司，为增加资本公开发行股份时，应当依法办理。
第一百六十八条规定，公司的公积金用于弥补公司的亏损、扩大公司生产经营或者转为增加公司资本。但是，资本公积金不得用于弥补公司的亏损。
法定公积金转为资本时，所留存的该项公积金不得少于转增前公司注册资本的百分之二十五。
目前有限公司变更为股份有限公司通常操作方式：有限公司以审计的账面净资产按照一定比例折为股份公司的注册资本，账面净资产超过注册资本的部分计入资本公积。公司一般还要进行评估，净资产的评估值一般略高于账面净资产。
（1）变更环节，公司股东涉税
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第四条规定，关于股息、红利等权益性投资收益收入确认问题：
企业权益性投资取得股息、红利等收入，应以被投资企业股东会或股东大会作出利润分配或转股决定的日期，确定收入的实现。
被投资企业将股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础。《企业所得税法》第二十六条规定，企业的下列收入为免税收入：
……
（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；
……
《企业所得税法实施条例》第八十三条规定，企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第（二）项和第（三）项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。
根据上述规定，变更环节，为居民企业的公司股东，有限公司以股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，不涉及企业所得税，有限公司以盈余公益和未分配利润转为股本的，属于投资方的股息、红利收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。
（2）变更环节，自然人股东涉税
《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发〔1997〕198号）第一条规定，股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。
《国家税务总局关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》（国税函〔1998〕第289号）第二条规定，《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发〔1997〕198号）中所表述的“资本公积金”是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金。将此转增股本由个人取得的数额，不作为应税所得征收个人所得税。而与此不相符合的其他资本公积金分配个人所得部分，应当依法征收个人所得税。
《国家税务总局关于进一步加强高收入者个人所得税征收管理的通知》（国税发〔2010〕54号）规定，加强企业转增注册资本和股本管理，对以未分配利润、盈余公积和除股票溢价发行外的其他资本公积转增注册资本和股本的，要按照“利息、股息、红利所得”项目，依据现行政策规定计征个人所得税。
根据上述规定，除股票溢价发行外的其他资本公积转增注册资本和股本的，要按照“利息、股息、红利所得”项目，依据现行政策规定计征个人所得税。因此，有限责任公司变更为股份有限公司时资本公积转为资本，以及盈余公积和未分配利润转为资本，应按照“利息、股息、红利所得”项目，依据现行政策规定计征个人所得税。
（3）变更环节，合伙企业涉税
《 人民共和国合伙企业法》第二条规定，本法所称合伙企业，是指自然人、法人和其他组织依照本法在 境内设立的普通合伙企业和有限合伙企业。
普通合伙企业由普通合伙人组成，合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任。本法对普通合伙人承担责任的形式有特别规定的，从其规定。
有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成，普通合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任。
《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）规定：根据《 人民共和国企业所得税法》及其实施条例和《 人民共和国个人所得税法》有关规定，现将合伙企业合伙人的所得税问题通知如下：
一、本通知所称合伙企业是指依照 法律、行政法规成立的合伙企业。
二、合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
《国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（国税函〔2001〕84号）第二条关于个人独资企业和合伙企业对外投资分回利息、股息、红利的征税问题规定，个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附法规的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
《财政部、国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规〉的通知》（财税〔2000〕91号）第五条规定，个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。
前款所称生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
根据上述规定，合伙企业，以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。对以合伙企业对外投资分回的利息、股息、红利按合伙协议约定的分配比例确定每个投资者的利息、股息、红利所得，自然人投资者按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税，对于资本公积转为资本的是否征个人所得税问题同上述自然人个税问题一样，法人和其他组织缴纳企业所得税，但法人是否适用企业所得税“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益”为免税收入的规定，目前没有明确的规定，还请关注国家财税主管部门发布的新文件。
以下地方政策口径供参考：
《北京国税局企业所得税类热点问题（2013年11月）》
1.纳税人为居民企业，投资合伙企业取得的利润分配所得是否可以作为企业所得税的免税收入？答：一、《 人民共和国企业所得税法》第二十六条规定：“企业的下列收入为免税收入：……（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；……”
二、《 人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条规定：“企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。”
合伙企业不适用于企业所得税法，不是居民企业，且目前国家税务总局对于合伙企业合伙人所得税具体政策尚未出台，所以纳税人为居民企业，投资合伙企业取得的利润分配所得，在国家税务总局有明确规定之前，不得作为企业所得税的免税收入。