留底退税退回的税金在公司清算时没有抵扣完怎么处理？

留底退税退回的税金在公司清算时，不存在没有抵扣完的税金，不用处理。

增值税属价外税，增值税与企业的损益无关。因此，企业收到的退还增值税期末留抵税额，只会增加企业的经营现金流，但对企业的损益不产生影响。

会计处理：借记“银行存款”科目，贷记“应交税费——应交增值税（进项税额）”
但是，根据有关会计处理规定，可以增设“应收留抵税额退税款”科目，记录一般纳税人按规定应收的留抵税额退税款；在“应交增值税”明细账内增设“留抵税额退税”专栏，记录一般纳税人按规定收到税务机关退回的增值税留抵税额。通过增设“应收留抵税额退税款”科目和“留抵税额退税”专栏，全面反映留抵税额退税从计算申报退税到实际退到税款的整个过程。

《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）。