没交契税及账面无价值的投资入股土地能否作为土地增值税的扣除项目？

不可以，因为增值税的征税范围是：在 人民共和国境内生产、销售应税货物、提供加工、修理修配劳务和进口货物。其中应税货物是制：有形动产、热力、电力和气体。土地使用权不属于增值税的征税范围，既不征税，亦涉及不到扣除。

土地增值税法规定：

对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，在计征土地增值税时不允许扣除。

土地增值税扣除项目金额中有一项是相关税金的扣除，您这里指的收入的5%应当是指的销售不动产时应当缴纳的营业税，是销售收入的5%，这个是可以在计算缴纳土地增值税进行税前扣除的，这个是正确的。