一张增值税专用发票上的进项税可以只抵扣一部分吗？

不能。
按照规定，超出标准的住宿费不属于企业应该负担的，只能算作个人消费金额，其对应的进项税额不得抵扣。应该抵扣6元进项税额，付给员工206元。
应该通过进项税额转出的方法进行处理。
取得300元的住宿专用发票，由于是“一张”专票，应该是“全额”认证，也就是产生进项税额9元，由于超标的100元不能抵扣进项税额，需要转出3元的进项税额。
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会计上可以这样处理：
借：管理费用 200
借：应交税费——应交增值税（进项税额）9
贷：现金 206
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）3
增值税专用发票：
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明;是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
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实行增值税专用发票是增值税改革中很关键的一步，它与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。它具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。
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对于增值税专用发票通常有两种称呼，以"十万元"为例，分为:"十万元版"和"限十万元版"。其中，"十万元版"不含税价款可超过人民币十万元，而"限十万元版"不含税价款不得超过人民币十万元。在日常工作中，要注意区分。