发票作废但对方已认证并申报如何处理？

关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知》（ 国税发[2006]156号）　　第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》，附件3）。　　《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。　　经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。　　经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用 码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。　　第十五条 《申请单》一式两联：第一联由购买方留存；第二联由购买方主管税务机关留存。　　《申请单》应加盖一般纳税人财务专用章。　　第十六条 主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》（以下简称《通知单》，附件4）。《通知单》应与《申请单》一一对应。　　第十七条 《通知单》一式三联：第一联由购买方主管税务机关留存；第二联由购买方送交销售方留存；第三联由购买方留存。　　《通知单》应加盖主管税务机关印章。　　《通知单》应按月依次装订成册，并比照专用发票保管规定管理。　　第十八条 购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。属于本规定第十四条第四款所列情形的，不作进项税额转出。　　第十九条 销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。　　红字专用发票应与《通知单》一一对应。

　　应先通知对方将认证发票做进项转出，收回发票所有联次后，后再重新开具。
　　依据《增值税专用发票使用规定》第二十条 同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：
（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
（二）销售方未抄税并且未记账；
（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用 码、号码认证不符”。