分公司，子公司，独立核算，非独立核算

你的问题好混乱啊,不过感觉思路很清晰.
分公司和子公司是否独立核算或者独立申报纳税,是和行业有很大关系的.对于银行\资源开采等行业,分公司和子公司都要独立核算和独立申报纳税的.
如果是贸易公司.分公司是不需要独立核算的(和你有能力是否独立核算无关),更不会独立申报纳税,也无法退税.

子公司是要独立核算的,可以独立申报纳税,也能享受退税的.

为了适应业务需要，许多企业都想在全国范围内设立业务联络点。从公司管理角度出发，一般都希望这样的业务联络点只从事业务而不在当地纳税。因此有的企业就采取在当地设立办事处方式，或者干脆连办事处也不设立，在当地租一两间房子，开始收发货物及收取客户货款。这种行为如果被税务机关查到，税务机关会对其经营行为核定应缴税额，责令缴纳税款和罚款。这种经营方式其实是很不好的。因为货物在销售地缴纳完税款后，总公司还得再缴一次税，形成了“重复纳税”，得不偿失。
产生这种情况的原因在于这些企业对分公司、办事处如何纳税的规定缺乏了解。
企业发展到一定规模以后，基于稳定供货渠道，开辟新市场或方便客户服务的考虑，不可避免地需要在销售业务相对集中的地区设立分支机构。分支机构主要有两种形式：一种为分公司；一种为办事处。分公司可以从事经营活动，而办事处一般只能从事总公司营业范围内的业务联络活动。分公司、办事处税收待遇不同，主要体现在企业所得税和流转税上。
从企业所得税看，办事处由于不能从事经营活动，没有业务收入，不存在利润，也就没有应纳税所得额，无需缴纳企业所得税；对于分公司而言，企业所得税可以在分公司所在地税务机关缴纳，也可以汇总后由总公司集中缴纳。对于由总公司汇总缴纳的，由总公司所在地国税局开具企业所得税已在总机构汇总缴纳的证明，分公司凭此证明到所在地国税局办理相关手续。一般来说，汇总纳税优于独立纳税，因为总公司和分公司的盈、亏可以相互弥补。
从增值税上看，办事处由于不从事经营活动，所以在当地无需缴纳增值税；而分公司的经营活动必须在当地缴纳增值税。
企业的分支机构间经常会发生货物移送的行为，总机构为了避免在分支机构所在地缴纳增值税，可以按照《关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发［1998］13号）的规定，设立办事处一类的机构，不开发票，不收货款，货款由客户直接汇至总部，发票直接由总部开具给客户。该办事处只是对货物的移送负责监督和保管。
有些企业为了方便销售，往往会在销售地设立或租用仓库。基本模式有两种：一种是仓库由总机构派出人员管理，管理人员的工资、经营费用、仓库租金等都由总机构支付，管理人员以总机构的名义联系业务，对外签订合同。采取这种模式，在短时间内为了避免在销售地缴纳增值税，企业应向总机构所在地税务机关申请开具《外出经营活动税收征收管理证明》，租赁仓库所在地经销人员持总机构所在地税务机关开具的外出经营活动税收征收管理证明开展经营活动，其增值税可由总公司所在地税务机关缴纳。另一种模式是在异地租用仓库，总公司没有派驻人员到仓库，也没有通过该仓库进行营业活动，这种情况下不用在当地缴纳增值税。
总之，企业在异地设立分支机构时，既要考虑经营的需要，又要考虑不同机构税收待遇的不同，进行合理筹划，才能避免纳税风险。