小微企业减免税政策超过部分如何交税？

应全额计算缴纳增值税或营业税。
小微企业税收优惠政策
1、《关于金融机构与小型微型企业签订借款合同免征印花税的通知》：自2011年11月1日起至2017年10月31日止，对金融机构与小型、微型企业签订的借款合同免征印花税。
2、《免征小型微型企业部分行政事业性收费》：从2012年1月1日至2017年12月31日，对小型微型企业免征管理类、登记类、证照类行政事业性收费，具体包括有企业注册登记费、税务发票工本费、海关监管手续费、货物原产地证明书费、农机监理费等22项收费。
3、《关于小型微利企业所得税优惠政策有关问题的通知》：自2012年1月1日至2017年12月31日，对年应纳税所得额低于6万元(含6万元)的小型微利企业，其所得减按50%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。
4、《关于暂免征收部分小微企业增值税和营业税的通知》：自2013年8月1日起，对小规模纳税人中月销售额、营业额不超过2万元的企业或非企业性单位，暂免征收增值税和营业税。
5、《关于小型微利企业所得税优惠政策有关问题的通知》和《关于扩大小型微利企业减半征收企业所得税范围有关问题的公告》：小微企业征税的各项标准统一提高到了10万元。
6、《关于进一步支持小微企业增值税和营业税政策的通知》免征小微企业增值税和营业税的标的销售额和营业额提高到“2万元至3万元”。
7、《国务院关于扶持小型微型企业健康发展的意见》小型微型企业从事国家鼓励发展的投资项目，进口项目自用且国内不能生产的先进设备，按照有关规定免征关税。

国家税务总局公告2013年第49号：
为进一步支持小微企业发展，现将《财政部
国家税务总局关于暂免征收部分小微企业增值税和营业税的通知》（财税〔2013〕52号，以下简称《通知》）有关问题公告如下：
一、《通知》中“月销售额不超过2万元”、“月营业额不超过2万元”,是指月销售额或营业额在2万元以下（含2万元，下同）。月销售额或营业额超过2万元的，应全额计算缴纳增值税或营业税。
二、以1个季度为纳税期限的增值税小规模纳税人和营业税纳税人中，季度销售额或营业额不超过6万元（含6万元，下同）的企业或非企业性单位，可按照《通知》规定，暂免征收增值税或营业税。
又财税〔2014〕71号《关于进一步支持小微企业增值税和营业税政策的通知》：
为进一步加大对小微企业的税收支持力度，经国务院批准，自2014年10月1日起至2015年12月31日，对月销售额2万元(含本数，下同)至3万元的增值税小规模纳税人，免征增值税;对月营业额2万元至3万元的营业税纳税人，免征营业税。
财税[2015]96号《关于继续执行小微企业增值税和营业税政策的通知》：
为继续支持小微企业发展、推动创业就业，经国务院批准，《财政部
国家税务总局关于进一步支持小微企业增值税和营业税政策的通知》（财税〔2014〕71号）规定的增值税和营业税政策继续执行至2017年12月31日。
以上三个文件清楚的表述了小微企业免征流转税的主体、时间和符合免征必须具备的条件的条件。
由于从今年6月1日起在我国已经全面实行了营改增。因此以下只讲述增值税的免税。
1、小微企业免征增值税的主体是增值税小规模纳税人；
2、按月申报纳税的小规模纳税人月销售额或营业额不超过3万元（含3万元）可免征当月的增值税。月销售额或营业额超过3万元的，应全额计算缴纳增值税或营业税。按季申报纳税的小规模纳税人季销售额或营业额不超过9万元（含9万元）可免征当季的增值税。季销售额或营业额超过9万元的，应全额计算缴纳增值税或营业税。
3、月售额或营业额不超过2万元（含2万元）或销售额或营业额不超过6万元（含6万元）免税优惠尚未设定截止期。但月售额或营业额2-3万元（含3万元）或季销售额或营业额6-9万元（含9万元）免税优惠截止2017年12月31日
对于小规模纳税人来说增值税优惠政策符合免税条件的企业当月（或当季）可以全部免税，包括已免除主税的附加税费也可免除（相关文件从略）。但是如果销售额或营业额超出免税条件的企业，应全额计算缴纳增值税。所以不存在免税超出部分如何缴税的问题。下面举例说明：
假设某增值税小规模纳税人是按季申报纳税的。2016年一季度主营业务收入10万元，超出享受免税优惠政策9万元的上限。因此，该小规模纳税人应就10万元的收入计缴增值税和附加税费，而不是9万元收入的税金可免，只需要就1万元的收入计缴增值税和附加税费。